Doxygen es un sistema de documentación para C++, C, Java, Objective-C, Python, IDL (Corba y Microsoft sabores), Fortran, VHDL, PHP, C# y hasta algún grado D. Puede generar un navegador de documentación en línea (en HTML) o un manual de referencia off-line (en $ $mbox {látex}) de un conjunto de archivos de código fuente documentada. También hay soporte para generar salida en RTF (MS-Word), PostScript, PDF con hipervínculos, comprimido HTML y páginas de comando man Unix.